Ağustos 2013'te İstanbul 13. Ağır Ceza Mahkemesi tarafından karara bağlanan Ergenekon davasında 47 yıl 3 ay hapis cezasına çarptırılan Arif Doğan, sağlık durumu ve yaşı nedeniyle adli kontrol uygulaması şartıyla tahliye edilmişti.
Ergenekon davası kapsamında yargılanmaya başladıktan sonra iddialı demeçleri ili dikkat çeken Doğan, 'JİTEM'i kendisinin kurduğunu ve 1990 yılında kendisinin dondurduğunu' öne sürüyordu.
