Koç Phil Jackson'ın takımdan ayrılması ve O'Neal'ın Lamar Odom, Caron Butler, Brian Grant karşılığında Miami Heat'e takas edildiği 2004-2005 sezonu, O'Neal olmadan neler yapabileceği merakla beklenen Bryant için yeni bir dönemin başlangıcıydı. Lakers, Bryant'ın 27,6 sayı, 5,9 ribaunt ve 6 asist ortalamalarıyla oynadığı sezonda play-off'lara gidemedi. Phil Jackson ile Kobe Bryant'ın yolları, 2005-2006'da bir kez daha kesişti. Jackson yönetiminde sezona muhteşem bir giriş yapan Bryant, aralık ayında Dallas Mavericks potasına 3 çeyrekte 62 sayı gönderdi.