1938-1939 sezonunda Doğanspor adıyla Mahalli Lig şampiyonu olan takım, 12 Eylül 1940 tarihinde bir kongre kararıyla tekrar Göztepe adını alır. 1941-1942, 1942-1943, 1943-1944 sezonlarında İzmir Mahalli Lig şampiyonu olan Göztepe, 1949-1950 sezonunu Türkiye Şampiyonu olarak tamamlar ve ilk ulusal başarısını kazanır. Bu şampiyonluğun ardından Fenerbahçe ile Başbakanlık Kupası maçına çıkan takım karşılaşmadan 2-1 mağlup ayrılır.