Düzenli ordunun kurulmasıyla emrindeki grubu orduyla bütünleştirdi, kendisi de Milli Aydın Cephesi Komutanı oldu. Milli Mücadele'deki başarılarından dolayı TBMM tarafından İstiklal Madalyası verilen ve Cumhuriyet döneminde Yörük soyadını alan Ali Efe, Kurtuluş Savaşı'ndan sonra bir süre İzmir'de yaşadı.