Milattan Sonra birkaç yüzyıl özellikle de Doğu Roma İmparatorluğu dönemlerinde Hıristiyanlığın o döneme özgü yalnız ruha değer veren ve cisme hor bakan görüşün de etkisiyle yıkanma ve vücut temizliği günah sayılmış ve her kaplıca gibi Agamemnon Kaplıcaları da ihmal edilmiş ve harap olmuştur.